微生物來自哪里？一定不是出生的時候微生物就存在的，微生物不是人體產生的，是來自于環境。把男性女性和不同年齡段的孩子身體各個部委的菌群做一個分析，在嬰幼兒的階段它的菌群是母親的陰道，粉色的是嬰兒的菌群，他的口腔皮膚腸道的菌群是母親的陰道。隨著年齡的增長他的菌群就遠離陰道，接近成年人的口腔，一開始來自于母親，然后生活中環境的影響對他的菌群影響最大。2015年的時候就做了更詳細的研究，把三類母親，他的菌群測一下，對他們生育的孩子在出生的第4天，第4個月做一個差異，孩子和母親的菌群是一樣的，不同母親所生的孩子差異最大。還有母乳喂養，和非母乳喂養，和剖腹產和順產是不一樣的。腸道菌群第一是來自母親。第二個是來自食物。對腸道菌群影響最大的是母乳喂養，斷奶是影響腸道菌群組成的一個節點，換輔食的對腸道菌群是非常有挑戰性的節點。
最新的研究對剛才的來源又往前提前了，這是中科院做的。新生兒最初的來源不是出生后，而是子宮中，空腔內就開始了，在空腔里頭，在剛出生的時候，其實嬰兒的口腔，腸道，嘴巴還有皮膚上都已經有了微生物，微生物的種類和數量比母親的產道的微生物種類和數量還豐富，隨著出生微生物的種類和數量是降低的。母親對微生物的傳遞是垂直傳遞的，母親傳給孩子的，母親不健康，孩子的微生物也不健康。妊娠糖尿病婦女生的孩子菌群跟正常人也不一樣，母親菌群的健康也決定孩子菌群的健康。
除了人的產道之外，人的乳汁中也有幾百種微生物，現在所有的研究里面沒有考慮母乳的微生物的組成，而且無論這些奶粉企業如何去改進母乳，讓他最大限度的接近天然的母乳，他仍然無法把微生物添加進去，還是母乳喂養好，只有20%多的堅持母乳喂養，這個比例太低了，大家應該更多的去鼓勵這些孩子的媽媽去盡最大的可能母乳喂養，因為所有的奶粉都沒有辦法取代母乳。
胎兒菌群的來源是哪呢？主要來源于循環系統，母親的血液循環系統它的來源是陰道，口腔的腸道，這三個部位的菌通過血液系統到胎盤，影響孩子的菌群。陰道除了在生產中，還對嬰幼兒的菌群進行接種，剖腹產和順產影響的方式，順產過程中母親陰道中的菌到進行接種，導致母親的菌在他的體內生長繁殖。胎兒的菌，導致他的健康狀況和成年之后的健康狀況。母親影響胎兒菌群在空腔中，還有生產的過程中是剖腹產還是順產，還有哺乳的過程。
