1. 遺傳因素

盡管先天性心臟病并非嚴格意義上的遺傳性疾病，但基因異常或染色體畸變可能是其重要誘因。研究顯示，約5%的先天性心臟病患者具有家族聚集性，且患者之間的病情通常較為相似。例如，21號染色體三體綜合征（唐氏綜合征）常伴隨心臟畸形。

2. 胎兒生存環境因素

• 孕婦代謝性疾病：未控制的糖尿病可能顯著增加胎兒患先天性心臟病的風險。
• 藥物暴露：孕婦在妊娠早期接觸某些致畸藥物（如鋰、苯妥英鈉、類固醇等）可能導致胎兒心臟發育異常。
• 放射性物質：孕期過量接觸X射線或同位素等放射性物質可能增加胎兒罹患先天性心臟病的概率。
• 病毒感染：妊娠早期感染風疹病毒、巨細胞病毒或其他病毒可能對胎兒心臟發育產生不良影響。

3. 其他因素

• 缺氧環境：長期處于缺氧狀態可能導致胎兒心臟發育異常。例如，高原地區的動脈導管未閉及房間隔缺損的發病率較高。
• 性別傾向：某些類型的先天性心臟病可能在性別分布上存在差異。